گوجه فرنگی نه تنها نیازهای تغذیه ای بدن را برآورده می سازد، بلکه خواص دارویی با ارزشی نیز دارد. یکی از مهم ترین ترکیبات مؤثر در گوجه فرنگی، ماده ای است به نام لیکوپن که از دسته کاروتنوئیدها محسوب می شود و رنگ قرمز خاص آن را به وجود می آورد.
تحقیقات انجام شده نشان می دهند که گوجه فرنگی های پخته شده، نظیر سس گوجه فرنگی، به طور مؤثرتری نسبت به گوجه فرنگی های خام موجب افزایش فعالیت باکتری های مفید روده ای به نام Lactobacillus reuteri می شوند.
طبق گزارشی از پژوهشکده گیاهان دارویی، فرآیند پختن گوجه فرنگی سبب می شود تا نسبت به گوجه فرنگی خام، مقدار بیشتری از لیکوپن در روده جذب بدن گردد.