در ادامه‌ی کارگاه‌های همایش جهانی «بقیع؛ مدفن امامان و اصحاب»، در نوبت عصر، سه کارگاه علمی و تخصصی تحت عناوین «شخصیت‌شناسی مدفونان بقیع»، «مطالعات بین‌الملل بقیع» و «مطالعات تاریخی تمدنی بقیع» در ساختمان حوزه نمایندگی ولی‌فقیه در امور حج و زیارت با حضور فعالان و متخصصان بقیع‌پژوه از دانشگاه و حوزه برگزار گردید.
در کارگاه علمی-تخصصی «مطالعات تاریخی تمدنی بقیع»، که ریاست آن به عهده حجت‌الاسلام والمسلمین ناصر رفیعی، استاد حوزه و دانشگاه بود، چهار مقاله مورد ارائه قرار گرفت.
حجت‌الاسلام رفیعی در ابتدای سخنان خود اشاره کرد بقیع را باید به‌عنوان یک تاریخ و جغرافیای سیاسی در نظر گرفت که می‌توان از آن درس‌های آموزنده فراوانی گرفت.
مقاله اول این کارگاه با عنوان «مرقد ائمه البقیع در آینه معماری بینامتدنی (اسلامی ایرانی)»، توسط حمید رضانژاد رمضانی ارائه و نقد آن بر عهده احمد خامه‌یار بود.
رضانژاد در بخشی از نوشتار خود متذکر شد: نخستین بنای قبرستان بقیع توسط یک معمار ایرانی ساخته شده و با ورود اسلام به ایران، معماری آرامگاه‌ها و مساجد در این سرزمین توسعه یافته است.
مقاله دوم با عنوان «مساجد بقیع در منابع تاریخی» اثر سید محمدحسین میرعبداللهی شمس به نقد حجت‌الاسلام والمسلمین سیدمجتبی اوصیا درآمد. نتایج بررسی‌های گسترده نشان می‌دهد که چهار مسجد در بقیع وجود دارد که اولین آن در پایین قبور ائمه قرار داشته است. مسجد دوم مربوط به امام زین‌العابدین(ع) و دو مسجد دیگر نیز در این مکان مقدس واقع شده‌اند.
مقاله سوم با موضوع «گونه‌شناسی باورهای زائران بقیع با تاکید بر سفرنامه‌های مغربیان» از سوی حامد قرائتی و محمدرضا حیدری خراسانی ارائه شد و نقد آن بر عهده علی اکبر عالمیان بود. در این مقاله تأکید شده که بر اساس این سفرنامه‌ها، بر موضوع شناسنامه و فضیلت قبور در آن زمان، شغلی وجود داشته تا افرادی که به بقیع می‌آمدند، درباره فضیلت‌های اهل قبور اطلاعات دهند.
مقاله چهارم این همایش که توسط خانم اعظم ابوالحسنی ارائه گشت، به تحلیل «تاریخ‌نگاری ابن شبه درباره بقیع در آینه گزارش‌های کتاب تاریخ المدینه المنوره و نقد آن» پرداخته و این اثر از نقد ناهید طیبی برخوردار شد. نویسنده در این مقاله بر نیاز به ذکر اولین‌ها توسط نویسنده اشاره کرده و این اولین‌ها از جذابیت بالایی برخوردارند. همچنین آداب و رسوم تدفین و دعاهای پیامبر(ص) نیز در این نوشتار موجود است.
کارگاه دیگر نوبت عصر همایش به موضوع «مطالعات بین‌الملل بقیع» اختصاص داشت که با ریاست حجت‌الاسلام والمسلمین سید کاظم سید باقری، عضو هیئت علمی پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی، برگزار گردید و چهار مقاله در آن ارائه شد.
مقاله نخست با موضوع «تجربه مسلمانان نیجریه از زیارت جنت البقیع» اثر یوسف عبدو یوسفف پژوهشگر نیجریه‌ای بود که نقد آن با نکویی سامانی بود. در این مقاله تأکید شده که یافته‌های تحقیقاتی نشان‌دهنده‌ی تجربه‌ای ماندگار برای مسلمانان نیجریه از زیارت بقیع است و آن‌ها احساس نزدیکی به امامان و اهل بیت(ع) و صحابه را تجربه کرده‌اند.
مقاله دیگری که در این کارگاه ارایه شد، به موضوع «بقیع، تخریب تاریخ و تشکیل باوری نادرست» پرداخته و اثر آنجل هوراسیو مولینا بود. در ادامه، مقاله «اطلاعات مسلمانان شمال نیجریه درباره قبرستان بقیع» اثر محمد ابوبکر ارائه شد و منجر به نقد حجت‌الاسلام والمسلمین محسن محمدی گردید. در این مقاله تصریح شده است که بقیع به‌عنوان آرامگاهی مقدس مورد احترام مسلمانان نیجریه، چه شیعه و چه سنی، قرار دارد.
مقاله بعدی با عنوان «نگاهی به تلاش‌های مسلمانان هند و یمن برای پیگیری مسئله بقیع» از محمدسعید نجاتی منتشر گردید. در این مقاله آمده است که اسنادی در هند به جا مانده‌است که به سال 1930 میلادی برمی‌گردد و نشان می‌دهد که انجمن خلافت هند سال‌ها پیش از تخریب بقیع، هیئت‌هایی را به سرزمین حجاز فرستاده‌اند تا با گفت‌وگو و دعوت به صلح و آرامش مانع تخریب این مکان مقدس شوند. این نوشتار هم تحت نقد حجت‌الاسلام والمسلمین محمدجواد یاوری قرار گرفت.
آخرین کارگاه در نوبت عصر با موضوع «شخصیت‌شناسی مدفونان بقیع» به ریاست حجت‌الاسلام والمسلمین حسین عبدالمحمدی و با پنج مقاله برگزار شد.
در مقاله اول، که با عنوان «درآمدی بر شخصیت‌شناسی اسماعیل بن جعفر از مدفونان بقیع (از منظر منابع حدیثی و رجالی)» تهیه شده بود و نوشته‌ی حافظ نجفی بود، نقد آن بر عهده‌ی آقایان حسن احمدیان دلاویز بود. در این مقاله بیان شده که درباره این شخصیت با دو دسته روایت روبرو هستیم که برخی او را امام پس از امام صادق(ع) معرفی می‌کنند در حالی که روایاتی نیز وجود دارند که وی را تنقص می‌کنند و مورد مذمت قرار داده‌اند.
مقاله دوم به «مشاهیر علوی مدفون در بقیع» اختصاص داشت که توسط محمدمهدی فقیه محمدی جلالی (بحرالعلوم) ارائه و توسط حجت‌الاسلام والمسلمین رمضان محمدی نقد گردید.
سومین مقاله این کارگاه با عنوان «صاحب منصبان و اندیشه‌ورزان ایرانی‌تبار مدفون در بقیع» به قلم سیدکاظم محمدی ارائه شد و حجت‌الاسلام سید علی غضنفری نقد آن را بر عهده داشت. سید کاظم محمدی در این اثر به این نکته اشاره کرد که پس از رسالت پیامبر(ص)، برخی از اندیشمندان ایرانی به سرزمین وحی سفر کرده و با در نظر داشتن قداست بقیع، برخی صاحب منصبان در آنجا فوت کرده یا وصیت کردند که پیکرشان در بقیع دفن شود. در نتیجه، نزدیک به پنج صاحب منصب و نه اندیشه‌ورز ایرانی‌تبار در بقیع مدفون هستند.
استفاده از واژه حرم به جای قبرستان
همچنین در مقاله چهارم این کارگاه به مجله «بیت‌الاحزان یا مسجد فاطمه و واکاوی ماهیت تاریخی آن» توسط حجت‌الاسلام عمار ابوطالبی پرداخته شد و حجت‌الاسلام والمسلمین زارع خورمیزی نقد آن را انجام داد. این نوشتار بر این موضوع تأکید کرده که به جای واژه «قبرستان» برای توصیف بقیع، از اصطلاح «حرم» استفاده شود.
مقاله نهایی این کارگاه که به قلم المیرزا مهدی عباس الربیعی، پژوهشگر عراقی، نوشته شده بود، با موضوع «القول الارجح فی تحدید قبر السیده الزهرا» ارائه و توسط حجت‌الاسلام والمسلمین سیدجاسم جزایری مورد نقد و بررسی قرار گرفت.