متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
انا لله و انا الیه راجعون
خبر ارتحال عالم بزرگوار و خدوم مرحوم حجت‌الاسلام والمسلمین جناب حاج شیخ محسن علی نجفی طابَ ثَراه موجب تأثر و تأسف گردید.
اینجانب فقدان این عالم محترم را به علماء و حوزه‌های علمیه پاکستان، خانواده و دوستداران ایشان مخصوصاً شیعیان محترم «بَلتِستان» تسلیت گفته و از خداوند شکور برای این عالم وارسته غفران واسعه و علو درجات و برای بازماندگان محترم صبر و اجر مسألت دارم.
والسلام علیکم و رحمةُ اللهِ و برکاتُه
سیدعلی خامنه‌ای
۲۰ دی ماه ۱۴۰۲