تبدیل چهره بازیگران یکی از چالش‌های عمده‌ای بود که سریال «مختارنامه» با آن مواجه شد. نویسنده کتاب «پرونده مختارنامه» این موضوع را چنین بیان کرده است: «در پروژه‌ای طولانی نظیر مختارنامه، ممکن است که بازیگر در یک سال خاص بخشی از بازی‌اش را ایفا کند و ادامه آن به زمان دیگری موکول شود.
برای بازیگران زن، ایجاد تغییرات در چهره‌اشان می‌تواند مشکلاتی به دنبال داشته باشد.» این وضعیت بارها در سریال مختارنامه پیش آمد و منجر به تغییراتی در جنبه‌های کارگردانی و تدوین گردید.
مشکلات ناشی از جراحی‌های زیبایی الهام حمیدی و حدیث فولادوند
الهام حمیدی، در نقش همسر کیان و حدیث فولادوند در نقش همسر ابراهیم اشتر، به دلیل انجام جراحی‌های زیبایی و تغییرات در ظاهرشان، حفظ راکورد بازی‌ها را برای سازندگان بسیار دشوار کردند. این دو بازیگر زن به طور غیرمنتظره‌ای با تغییرات چهره‌شان سازندگان را شگفت‌زده کردند؛ مسئله‌ای که منجر به کاهش سکانس‌های آن‌ها گردید.
تحولات چهره الهام حمیدی و حدیث فولادوند به این شکل بود که الهام حمیدی در فاصله بین دو مقطع نقش همسر کیان، عمل بینی انجام داد و حدیث فولادوند نیز جراحی رینوپلاستی داشته است؛ به‌طوری‌که در یک صحنه که در بازه یک‌ساله فیلمبرداری انجام شد، اختلاف در چهره او به وضوح نمایان بود. این تغییرات سبب شد که بسیاری از کلوزآپ‌های بازی فولادوند در مرحله تدوین حذف شود.
تغییر چهره به علت گذر زمان
گاهی اوقات زمان به ضرر پروژه عمل می‌کند. طولانی شدن مراحل فیلمبرداری باعث ظهور تغییرات ظاهری چندساله بر چهره بازیگران زن می‌شود. در حالی که برای بازیگران مرد، داشتن ریش کمک شایانی به پوشش تغییرات ظاهری کرده، اما برای زنان چنین مسئله‌ای به سادگی قابل حل نبود. در بخشی از کار، تغییرات در چهره فریبا کوثری، با چاقی گونه‌هایش و همچنین نوسانات وزنی ماهچهره خلیلی قابل مشاهده بود؛ هرچند این تغییرات در مقایسه با الهام حمیدی و حدیث فولادوند به اندازه دردسرساز نبود.
حذف محمد حاتمی بدلیل عمل بینی
اگرچه مشکلات ناشی از جراحی عمدتاً برای بازیگران زن به وجود آمد، اما در یک مورد برای یک بازیگر مرد نیز به وجود آمد که تأثیرات آن موجب شد میرباقری او را کنار بگذارد. به‌گفته نویسنده کتاب «پرونده مختارنامه»، محمد حاتمی به دلیل انجام عمل بینی از فهرست بازیگران سریال خارج گردید.
مشکلات داوود رشیدی در حفظ دیالوگ‌ها
بعضی از بازیگران سریال که از چهره‌های معروف سینما، تئاتر و تلویزیون به شمار می‌رفتند، به دلیل افزایش سن با چالش‌هایی مواجه بودند؛ به‌عنوان مثال داوود رشیدی دیگر نمی‌توانست دیالوگ‌های طولانی را حفظ کند؛ به همین خاطر دیالوگ‌ها روی کاغذ نوشته شده و در برابر او قرار می‌گرفت. یا زمان‌هایی که امکان ضبط صحنه‌های دو نفره با داوود رشیدی و فرهاد اصلانی نبود، یکی از سکانس‌های دو نفره به صورت دکوپاژ شده و پلان‌های تک‌نفره فرهاد اصلانی ضبط می‌شد و شش ماه بعد پلان‌های داوود رشیدی ثبت می‌گشت.
جمشید شاه‌محمدی نیز برای بازی در نقش زهیر بن قین انتخاب شد و در کاشان مقابل دوربین رفت؛ اما با کامل شدن فیلمنامه و مشخص شدن این نکته که زهیر باید قابلیت جنگیدن و حضور در صحنه‌های جنگی را داشته باشد، جای او به محمود اردلان داده شد. جمشید شاه‌محمدی در عوض نقش شوهرخواهر مختار را ایفا کرد که با ویژگی‌های جسمانی‌اش سازگار بود.
روایتی کرنولوژیک
کتاب «پرونده مختارنامه» به قلم رضا استادی نوشته شده که مسئول روابط‌عمومی این سریال بوده است. به‌گفته او، به واسطه این مسئولیت به اطلاعات و اسناد مهم و جذابی دست پیدا کرده و سعی داشته به این سؤال پاسخ دهد که مختارنامه چه عواملی موجب ماندگاری‌اش شده و چگونه پس از سال‌ها هنوز تازگی خود را حفظ کرده است؟ نویسنده هدف خود را این قرار داده که کتابش به «رمانی خواندنی درباره سریالی جذاب» شبیه باشد.
این کتاب دارای روایتی کرنولوژیک است که از قبل از آماده‌سازی فیلمنامه در سال ۱۳۸۱ آغاز شده و ماجراهای پس از پخش آخرین قسمت سریال را شامل می‌شود و بعد از آن بخش‌هایی به جمع‌بندی، نقطه ضعف‌ها، درباره داوود میرباقری، عظیم جوانروح، محمود فلاح، پیوست‌ها و آلبوم تصاویر اختصاص یافته است.