هر ساله دولت‌ها علی رغم تدوین لایحه بودجه با کسری مواجه می‌باشند هدفمندی یارانه‌ها نیز یکی از دستگاه‌های اجرایی مهمی است که به دلیل عدم اجرای تعهدات شرکت‌های تأمین کننده منابع (شرکت‌های تابعه نفت) با ناترازی منابع و مصارف مواجه است.
بودجه هدفمندی در سال ۱۴۰۳ با ناترازی شدید مواجه شد این موضوع نگرانی‌های بزرگی را در رابطه با مدیریت منابع عمومی به وجود آورده و نیاز به اصلاحات جدی در این زمینه را برجسته کرده است.
با نزدیک شدن به پایان سال سازمان برنامه و بودجه تدوین لایحه بودجه سال ۱۴۰۴ را تقدیم مجلس کرده و گزارش‌هایی از معاونت هماهنگی برنامه، بودجه و نظارت این سازمان در مورد ساختار و جهت‌گیری‌های کلان بودجه ارائه شده است.
در جهت تبیین چالش‌های ناترازی هدفمندسازی یارانه به موارد ذیل اشاره می‌شود؛
۱. رویکرد دولت‌های مختلف در حوزه سیاستگذاری در قالب تبصره‌های هدفمندسازی و جداول آن بصورت برآوردی و احتمالی بوده که بدلیل عدم تحقق ۱۰۰ درصد منابع مندرج در آن و عدم پایبندی شرکت‌های تأمین کننده منابع هدفمندی به بودجه مصوب و اجرای تکالیف قانونی به منظور پرداخت مصارف اجتناب ناپذیر (یارانه نقدی و معیشتی، مستمری کمیته امداد امام خمینی (ره)، سازمان بهزیستی کشور، یارانه نان و دارو، حمل و نقل) سازمان هدفمندسازی را مجبور به استقراض می‌نماید که ادامه این رویه موجب ایجاد آسیب در اقتصاد کشور می‌گردد.
۲. رویکرد پرداخت یارانه به استناد مادۀ (۳۱) قانون برنامۀ هفتم پیشرفت، جزء (۲) بند (الف) تبصرۀ (۸) قانون بودجه سال ۱۴۰۳، جزء (۲) بند (الف) ماده واحدۀ قانون برخی احکام مربوط به اصلاح ساختار بودجه کل کشور، بند (هـ) تبصرۀ (۱۹) قانون بودجه سال ۱۴۰۱، بند (ز) تبصرۀ (۱۹) قانون بودجه سال ۱۴۰۲ کل کشور باید بصورت پرداخت به ذینفع نهایی باشد و استثناء برخی دستگاه‌ها و مسکوت نمودن آن از جمله کمیته امداد امام خمینی (ره) صحیح نمی‌باشد.
۴. موظف شدن بانک مرکزی ج. ا. ا بر اساس جزء (۸) بند (الف)، بند (ب) و بند (ت) تبصرۀ (۸) قانون بودجه سال ۱۴۰۳ کل کشور به تهیه گزارش‌های تفصیلی به کمیسیون برنامه و بودجه و محاسبات و معاونت نظارت مجلس شورای اسلامی که می‌تواند برای سال‌های آتی جهت تصمیم‌گیری و تحقق صد در صدی منابع هدفمندسازی حائز اهمیت باشد.
پرداخت ۷۵۸ هزار میلیارد تومان یارانه به ۸۰ میلیون نفر
۵. رویکرد سیاستگذاری برای تکالیف سازمان هدفمندسازی یارانه‌ها در قانون هدفمندکردن یارانه‌ها در اجرا این دستگاه را به یک حساب دریافت و پرداخت تبدیل کرده است که ضروری است با اصلاح سیاست‌های اجرایی این سازمان به سازمانی کنشگرایانه تبدیل گردد تا بتواند در کمک به اقشار آسیب پذیر جامعه هدف و مدیریت توزیع یارانه به آخرین زنجیره راهگشا باشد.
پرداخت ماهیانه یارانه حمایتی به ۸۰.۲۶۴.۴۸۰ نفر در دهک‌های درآمدی مختلف و پرداخت سایر مصارف اجتناب ناپذیر بار مالی ۷۵۸.۸ هزارمیلیارد تومان در سال را به دولت تحمیل نموده است که با وجود تحریم‌های اقتصادی، عدم اصلاح الگوی مصرف کنونی و عدم اجرای آزمون وسع سنجی دقیق و واگذاری وظیفه شناسایی و حذف گروه‌های پردرآمد به دستگاه اجرایی دیگر، این امر مهم را از سال ۱۳۹۳ تا کنون بدون نتیجه گذاشته و وزارت تعاون، کار و رفاه اجتماعی در شناسایی و حذف ناکام بوده است.
عدم انجام تکلیف مذکور باعث هدر رفت منابع هدفمندی و تورمی‌تر شدن هر ساله اقتصاد کشور شده است. در نتیجه ضرورت دارد به منظور نظارت بر نحوه اجرای حذف خانوار‌های پردرآمد، نظارت بر مدیریت مصرف منابع هدفمندی در بخش یارانه‌های مستقیم (خانوار)، نظارت بر صحت و سقم اطلاعات اقتصادی خانوار، ثبت نام یارانه نقدی و معیشتی، تعیین مشمولین برخورداری از حمایت‌ها و یارانه‌های غیرنقدی کلیه افراد واجدشرایط، شناسایی و حذف خانوار‌ها (گروه‌های) پردرآمد از فهرست یارانه‌بگیران، مدیریت و نظارت بر حمایت و پرداخت مستمری مددجویان دستگاه‌های حمایتی، یارانه سلامت و دارو و همچنین یارانه نان و نظارت و مدیریت بر حسن اجرای تکالیف قانونی مندرج در ماده (۷) قانون هدفمندکردن یارانه‌ها و استقرار نظام جامع تأمین اجتماعی بر پایه یارانه خانوار، دستگاه‌های اجرایی موضوع ماده (۵) قانون مدیریت خدمات کشوری و ماده (۱) قانون برنامۀ هفتم پیشرفت مکلف گردند پایگاه‌های داده و اطلاعات ثبتی خود را بر اساس اقلام آماری مورد نیاز به صورت برخط در اختیار سازمان هدفمندسازی یارانه‌ها قرار دهند.
۶. نامشخص بودن یک نقشه راه توسط تیم‌های اقتصادی که برگرفته از سیاست‌های اقتصادی نادرست و اصرار به آزمون و خطا برای پرداخت یارانه به قشر تولیدی و زنجیره واسط یا شبکه‌های توزیع و خدماتی و یا اصرار به نقدی یا غیر نقدی نمودن یارانه‌ها که همه موارد تاکنون موجب تحمیل هزینه‌های گزاف به دولت‌ها شده است.
۷. در اجرای قانون تضمین خرید محصولات اساسی کشاورزی مصوب۲۱/۰۶/۱۳۶۸ با اصلاحات و الحاقات بعدی آن و به منظور حمایت از تولیدات داخلی، حفظ امنیت غذایی کشور، تأمین نقدینگی لازم برای خرید گندم و پرداخت به موقع بهای گندم خریداری شده به کشاورزان، سازمان برنامه و بودجه کشور اعتبار مورد نیاز برای خرید گندم مازاد بر نیاز صنف و صنعت تولیدی کشاورزان داخل کشور را تأمین نموده و خرید گندم به قیمت نهائی مصوب شورای قیمتگذاری و اتخاذ سیاست‌های حمایتی محصولات اساسی کشاورزی از محل اعتبارات و ظرفیت‌های این تبصره بدون لحاظ تسهیلات تکلیفی بانکی به طور کامل تخصیص و پرداخت گردید.