با تائید رهبر انقلاب و مراجع صورت گرفت.
با پیشنهاد جامعه مدرسین حوزه علمیه قم و تأیید رهبری و مراجع تقلید، حضرات آیات و حجج اسلام محسن اراکی، محمدمهدی شب‌زنده‌دار، علیرضا اعرافی، سید محمد غروی، جواد مروی، محمود رجبی و محمود عبداللهی به عنوان اعضای نهمین دوره شورای عالی حوزه‌های علمیه انتخاب شدند.
در دوره هشتم آیت‌الله سید هاشم حسینی بوشهری و آیت‌الله سید احمد خاتمی به عنوان اعضای شورای عالی حوزه‌های علمیه فعالیت می‌کردند که در این دوره حضور ندارند.
به جای این دو عضو قبلی شورای عالی حوزه‌های علمیه، آیت‌الله سید محمد غروی و حجت‌الاسلام والمسلمین محمود عبداللهی که سابقه عضویت در شورای عالی حوزه‌های علمیه را دارند، انتخاب شدند.
اعضای شورای عالی حوزه‌های علمیه، دبیر این شورا را انتخاب می‌کنند. پیش از این آیت‌الله حسینی بوشهری دبیر شورای عالی حوزه‌های علمیه و همزمان رئیس جامعه مدرسین حوزه علمیه قم بود.
اعضای شورای عالی حوزه‌های علمیه به مدت ۴ سال سیاستگذاری کلان عالی‌ترین نهاد حوزوی را برعهده خواهند داشت.