بررسی‌های جامع نشان می‌دهد که مصرف آنتی‌بیوتیک‌ها می‌تواند خطر ابتلا به اختلالات گوارشی نظیر بیماری کرون و کولیت اولسراتیو را یک تا دو سال بعد از مصرف این داروها افزایش دهد.
طبق این تحقیقات، بیشترین ریسک به دو نوع خاص از آنتی‌بیوتیک‌ها مرتبط می‌باشد: نیترویمیدازول‌ها و فلوروکینولون‌ها که به‌طور معمول برای معالجه عفونت‌های روده تجویز می‌شوند. محققان تاکید می‌کنند که این داروها تمامی باکتری‌های موجود در بدن، شامل باکتری‌های مفید را تحت تأثیر قرار می‌دهند و تنها به نابودی باکتری‌های بیماری‌زا محدود نیستند.
براساس گفته‌های تیم پژوهشی، آنتی‌بیوتیک‌ها ممکن است از طریق تغییرات در میکروبیوم، بر پیشرفت بیماری‌های التهاب روده تأثیرگذار باشند. IBD یا بیماری‌های التهابی روده به مجموعه‌ای از اختلالات اطلاق می‌شود که موجب التهاب در دیواره روده بزرگ و روده کوچک می‌گردند. شایع‌ترین این بیماری‌ها شامل کولیت زخمی و بیماری کرون است.
این تیم متوجه شد که در میان افراد مصرف‌کننده آنتی‌بیوتیک، گروه سنی ۱۰ تا ۴۰ سال، ۲۸ درصد بیشتر در معرض ابتلا به IBD قرار دارند. محققان ذکر کردند که خطر ابتلا با هر بار مصرف آنتی‌بیوتیک افزایش می‌یابد، به‌طوری‌که ۱۱ درصد برای جوانان و ۱۴ درصد برای افراد مسن‌تر احتمال بالاتر رفتن خطر وجود دارد.
برای کاهش احتمال ابتلا به IBD، توصیه می‌شود که تنها در مواقع ضروری از آنتی‌بیوتیک‌ها استفاده شود و در درمان یا کنترل بیماری‌های ویروسی مانند سرماخوردگی، آنفولانزا یا دیگر بیماری‌های تنفسی و گوارشی احتیاط لازم را به عمل آورید.
استفاده نامناسب و بیش از حد از آنتی‌بیوتیک‌ها می‌تواند به ایجاد تغییرات و عوارض جدی در تعادل میکروبیوم روده منجر شود. هر گونه تغییر در میکروبیوم ممکن است منجر به اختلالاتی در سیستم گوارش گردد.
این یافته‌ها نشان‌دهنده وجود پیوندی میان افزایش مصرف آنتی‌بیوتیک و بروز التهاب‌های روده‌ای است.