فعالیت‌های گمانه‌زنی درخصوص گورهای محوطۀ کوه خواجۀ سیستان به‌منظور ثبت و مستندسازی مراسم تدفین و ارائه گاه‌نگاری دقیقی آغاز گردیده است.
، رضا مهرآفرین ـ سرپرست تیم باستان‌شناسی کوه خواجه استان سیستان و بلوچستان ـ تدفین‌های سنگ‌چین را از مهم‌ترین نشانه‌های کوه خواجه دانسته و بیان کرد که این آثار به وفور در قسمت‌های مختلف این کوه مشاهده می‌شوند. وی افزود: تا به امروز تحقیقی مستقل درباره این گورها صورت نگرفته و تاریخ‌گذاری آنها همواره محل بحث بین باستان‌شناسان بوده است. بنابراین، انجام یک پروژه میدانی به منظور سامان‌دهی و مستندنگاری این تدفین‌ها و ارائه یک گاه‌نگاری دقیق ضروری به نظر می‌رسید.
این باستان‌شناس افزود: گمانه‌زنی‌ها به منظور سامان‌دهی گورهای محوطۀ جهانی کوه خواجۀ سیستان، با حمایت اداره کل میراث فرهنگی، گردشگری و صنایع دستی استان سیستان و بلوچستان و تحت مجوز پژوهشگاه میراث فرهنگی و گردشگری، با همکاری تیمی شامل پنج باستان‌شناس در قسمت‌های بالایی کوه خواجه آغاز شده است.
عضو هیأت علمی دانشگاه بابلسر هدف‌ها و فرضیه‌های موجود در این پروژه را مورد اشاره قرار داده و اظهار داشت: کوه خواجه به‌عنوان مهم‌ترین عارضۀ برجسته دشت سیستان، در ۲۰ کیلومتری جنوب غرب زابل، به شکل جزیره‌ای کوچک در دریاچۀ هامون قرار دارد و حداکثر ارتفاع آن از سطح دشت به ۱۲۰ متر می‌رسد و قطرش حدود دو و نیم کیلومتر می‌باشد.
مهرآفرین همچنین عنوان کرد: نام این کوه در اوستا به‌عنوان «اوشیدا» ذکر شده است. این کوه در سه دین زرتشتی، مسیحیت و اسلام دارای تقدس ویژه‌ای بوده و این ویژگی آن را به یکی از پرجاذبه‌ترین مکان‌های مذهبی سیستان و بلوچستان برای آیین زیارت و تدفین تبدیل نموده است.
سرپرست هیأت باستان‌شناسی کوه خواجه تصریح کرد: علاوه‌بر عامل تقدس، موقعیت ژئوپولیتیکی این کوه از زمان‌های قدیم باعث شده که به‌عنوان پناهگاهی امن و قابل دفاع عمل کند و از حداقل سدۀ سوم پیش از میلاد، بناهایی نظیر قلعه کافرون، قلعه چهل دختر، قلعه کک کهزاد و… بر سطح و دامنه‌های آن بنا شود.
طبق گزارش روابط عمومی پژوهشگاه میراث فرهنگی، کوه خواجه پس از شهر سوخته، به‌عنوان دومین محوطۀ باستانی سیستان و بلوچستان، مورد بررسی و کاوش‌های باستان‌شناسی قرار گرفته است و تا کنون باستان‌شناسان و پژوهشگران معروفی چون استاین، هرتسفلد، گولینی، سیدسجادی، محمود موسوی، سرور عنیمتی، سیده لیلا بنی جمالی، کوروش محمدخانی و… به مطالعه و تحقیق درخصوص کوه خواجه و بناهای آن پرداخته‌اند.
مهرآفرین، عضو هیأت علمی دانشگاه بابلسر اظهار داشت: در طرح بررسی فشردۀ باستان‌شناسی دشت سیستان که در سال ۱۳۸۵ انجام شد، حدود ۱۷ محوطۀ باستانی در سطح و دامنه‌های کوه خواجه شناسایی گردید. با توجه به تاریخ‌نگاری نسبی انجام شده، دو دورۀ استقراری اشکانی ـ ساسانی و سده‌های میانی اسلامی برای حضور در این منطقه پیشنهاد گردیده است. به‌علاوه، وجود بناهای تاریخی شاخص در کوه خواجه و آثار و یافته‌های مهمی چون آتشگاه، نقاشی‌های دیواری، گچ‌بری، گل برجسته، آتشدان سنگی و عناصر و تزئینات منحصر به فرد در معماری، بر اهمیت تاریخی این کوه افزوده است.