افرادی که برای اخذ ویزای شنگن اقدام می‌کنند، با چالش‌های زیادی مواجه‌اند. این فرآیند پیچیده، مراجعین را با نارضایتی و سردرگمی روبه‌رو کرده است، چرا که اغلب نتوانسته‌اند نهادی را برای پاسخگویی به اعتراضات و سؤالات خود پیدا کنند. ناکامی‌ها، نارضایتی‌ها و تجربیات تلخ خود را در شبکه‌های اجتماعی به اشتراک می‌گذارند. مشکلات رایج شامل نوبت‌های نایاب جهت ثبت درخواست، تأخیر در پردازش پرونده‌ها، موانع تولید مستندات و همچنین مدت زمان محدود ویزا که برای سفر مناسب نیست می‌باشد. این معضلات توسط اتباع بسیاری از کشورها گزارش شده است.
پیچیدگی‌های بروکراسی در زمان درخواست ویزا، یکی دیگر از موانع مورد اشاره متقاضیان ویزای شنگن است. این متقاضیان به قوانین جاری و سیستم کلی درخواست ویزا شکایت دارند و خواهان تسهیل شرایط ویزای شنگن شده‌اند.
فقدان نوبت کافی برای دریافت ویزای شنگن نیز چالشی جدی برای بسیاری از متقاضیان به شمار می‌رود. این مسئله نه تنها در ایران، بلکه از سوی افرادی که به ویزای شنگن نیاز دارند، به شدت احساس می‌شود. مطابق با گفته برخی متقاضیان، نوبت‌ها به سرعت پر می‌شود و آنها ناچارند مدت بیشتری را انتظار بکشند که به طولانی‌تر شدن روند رسیدگی به درخواست‌ها می‌انجامد. این موضوع به ویژه برای دانشجویانی که به دنبال ویزای تحصیلی هستند، به مشکلات جدی می‌انجامد و همچنین افرادی که قصد دارند از نزدیکان خود دیدن کنند نیز با مشکلات بیشتری روبرو می‌شوند.
کمبود نوبت در سفارتخانه‌ها و زمان انتظار طولانی برای وقت ویزا در مناطقی با تقاضای بالا به بحرانی حاد تبدیل شده است و متقاضیان را وادار کرده که برنامه‌های سفر خود را تغییر دهند یا حتی لغو کنند. یکی از متقاضیان که نظرش را در فیس‌بوک ابراز کرده، نارضایتی خود را از این وضعیت به اشتراک گذاشته و گفته است: «نوبت‌ها در بازار سیاه به فروش می‌رسد.» این فرد افزود که نتوانسته قبل از فوریه ۲۰۲۴ نوبتی برای ویزای شنگن پیدا کند.
دیگر متقاضیان نیز نسبت به استفاده سفارتخانه‌ها از واسطه‌ها برای تعیین نوبت و تشکیل پرونده و وجود نهادهایی نظیر VFS ابراز نارضایتی کرده و آن را بیشتر به عنوان یک مانع تلقی کرده‌اند تا راهگشا.
یکی دیگر از متقاضیان اظهار کرده که باید مراحل طولانی را پشت سر بگذارد تا بتواند به اتحادیه اروپا سفر کند. بعضی از افرادی که واقعاً قصد سفر به اروپا را دارند، باید فرآیند پیچیده و زمان‌بری را طی کنند، به خصوص وقتی که هیچ نوبت ملاقاتی در دسترس نیست. به گونه‌ای که در صورت نیاز به سفر فوری، نوبت سریعی در دسترس وجود ندارد.
البته برخی از دفاتر کنسولی به منظور رفع مشکلات ناشی از محدودیت‌های نوبت‌ها، اقداماتی را مطرح کرده‌اند. کشورهای عضو اتحادیه اروپا بارها اعلام کرده‌اند که سیستم را به‌طور منظم به‌روز می‌کنند، اما با این حال، این مشکل همچنان وجود دارد.
تعداد زیاد مدارک لازم نیز چالشی دیگر برای متقاضیان ویزای شنگن است. این افراد ناچارند برای اثبات واقعی بودن سفر خود به کشورهای حوزه اتحادیه اروپا و بازگشت بدون نیت مهاجرت، مستندات زیادی تهیه کنند که این امر، روند تنظیم پرونده را دشوار و زمان‌بر می‌سازد. یکی از متقاضیان که هر سال برای دیدن همسرش اقدام به درخواست ویزا می‌کند، گفت: «فکر می‌کنم برای هر درخواست، حدود صد صفحه مدارک ارسال می‌کنم و به همین دلیل یک چاپگر خریده‌ام!»
شواهد و گزارش‌های زیادی در اعتراض به این موضوع وجود دارد. بسیاری جمع‌آوری مدارک را کار سختی دانسته‌اند، به گونه‌ای که برخی از متقاضیان پس از ارسال پرونده، از مغایرت‌ها مطلع شده و این مسئله موجب چالش‌های بیشتری برای دریافت ویزا شده است. از جمله مشکلات شایع در تهیه مدارک، فقدان امضا، اسناد مالی ناقص و بیمه مسافرتی منقضی گزارش شده است.
علاوه بر این، تعدادی از متقاضیان ویزای شنگن به تناقض بین مدت ویزای تأیید شده و زمان اقامت برنامه‌ریزی‌شده خود در منطقه شنگن اشاره کرده و این مسأله سبب شده تا بسیاری مجبور شوند برنامه سفر خود را تعدیل یا لغو کنند. یکی از متقاضیان ویزای شنگن که از قوانین فعلی گله‌مند است، در شبکه‌های اجتماعی نوشت: «مدت معین ویزا انعطاف‌پذیر نیست. به عنوان فردی که بارها برای ویزا اقدام کرده‌ام، باید بگویم که درخواست ویزای شنگن احتمالاً یک کار بیهوده است. مهلت محدودی ارائه می‌شود که در دنیای امروزی که برنامه‌ها اغلب تغییر می‌کنند، هیچ انعطافی ندارد.»
سایر متقاضیان نیز از زمان و هزینه‌ای که صرف دریافت ویزای کوتاه‌مدت (یک‌ماهه) می‌کنند، انتقاد کرده و بیان کرده‌اند که این ویزا به آنها اجازه سفر طولانی‌مدت در اروپا را نمی‌دهد.
بیشتر متقاضیان ویزای شنگن از تأخیر در پردازش درخواست‌ها و پرونده‌ها گلایه دارند، موضوعی که در سال ۲۰۲۳ از سوی اتباع کشورهایی که برای سفر به اروپا نیاز به ویزا دارند، به وفور گزارش شده است. متقاضیان اذعان کرده‌اند که تأخیرهای چند هفته‌ای تا چند ماهه به یک دردسر بزرگ تبدیل شده است. برخی از متقاضیان در شبکه‌های اجتماعی از انتظار یک تا دوماهه خود برای دریافت نتیجه درخواست ویزای شنگن نوشته‌اند. مقامات کشورها به رشد درخواست‌ها به عنوان یکی از عوامل اصلی و مؤثر در طولانی‌شدن مدت انتظار اشاره کرده‌اند.
عده‌ای دیگر از متقاضیان هم از عدم شفافیت در پاسخگویی به درخواست ویزای شنگن شکایت کرده و می‌گویند در صورت دریافت پاسخ «منفی»، تنها توضیحاتی مختصر ارائه می‌شود که از نظر آنها ناکافی و قانع‌کننده نیست.