در تاریخ ۱۹/۹/۱۳۶۱ اولین انتخابات مجلس خبرگان رهبری برگزار گردید. امام خمینی (ره) با حساسیت خاصی به این موضوع نگریسته و در سخنرانی‌ها و پیام‌های خود در مناسبت‌های مختلف به جایگاه، اهمیت و آسیب‌های این نهاد مهم پرداخته و هشدار‌های لازم و رهنمود‌هایی دربارۀ کارکرد و جایگاه حساس آن بیان داشته است.
سپس برای اوّلین بار در تاریخ ۲۷ آبان ۱۳۶۱ به جهت اهمیت فوق العاده این نهاد در دیدار نمایندگانی از اقلیت‌های مذهبی در سخنرانی خود در حسینیه جماران دربارۀ اهمیت مجلس خبرگان سخن گفته و فرموده است:
امروز… قضیۀ مجلس خبرگان برای تعیین رهبری. این مسئله ای است که نباید ملت ایران برای آن کم ارج قائل باشد… مجلس خبرگان تقویت رهبری است. گول این حرف‌ها را نخورند. باید همه وارد بشوند. این یک تکلیف است. حفظ اسلام یک تکلیف شرعی است برای همۀ ما. حفظ مملکت توحیدی یک تکلیفی است برای همۀ قشر‌های ملت؛ و چنانچه همه با هم نباشند و در صحنه حاضر نباشند… بر خلاف تکلیف عمل کرده اند… من به قشر روحانیت هم عرض می کنم که کناره گیری موجب این می‌شود که همانطوری که در زمان سابق از [این] کناره گیری علمای مذاهب، اسباب این شد که ملت ما و بزرگانشان جدا شدند و هر کاری خواستند دولت‌ها کردند و دولت‌ها را به حال خود گذاشتند و هرطور سرکشی خواستند کردند، چنانچه شما از صحنه بیرون بروید و علما، دانشمندان از صحنه بیرون بروند، این اسباب این می‌شود که باز آن مسائل سابق پیش بیاید (صحیفه امام، ج ۱۷، ص ۱۰۱ و ۱۰۲)
در این فرمایشات امام خمینی، ضمن سفارش بر حضور در انتخابات، تأکید شده است، که «مجلس خبرگان تقویت رهبری است» و در ادامه آن را به عنوان «حفظ مملکت توحیدی» یک تکلیف می‌داند.
امام خمینی بر این باور است که جایگاه مجلس خبرگان، باید در تقویت رهبری و به عنوان بازویی برای حفظ مملکت باشد و این مهم با انجام رسالت مجلس خبرگان و به درست عمل کردن وظایف آن مجلس، به دست می‌آید.
بررسی چگونگی این موضوع که چگونه «مجلس خبرگان تقویت رهبری» و نیز باعث «حفظ مملکت توحیدی» است نیازمند نگرش صحیح در وظایف مجلس خبرگان و چگونگی انجام آن وظایف است، تا اینکه این مجلس به یک مجلس تشریفات بدل نشود. عمل به وظایف قانونی این مجلس، تحکیم بخش نظام و رهبری خواهد بود. سستی در برابر انجام وظائف، از بین بردن یکی از ارکان مهم نظام اسلامی است. ضمنا این کار زمینه فروریزی سایر نهاد‌ها را نیز فراهم می‌سازد، زیرا آنگاه که نهادی باعظمت و بزرگی و حساسیت این نهاد به وظائف خود عمل نکند، سایر نهاد‌ها و ارگان‌ها نیز سست می‌شود و نهایتاً فرو می‌ریزد.
امام خمینی در ۱۶ آذر همان سال در پیامی خطاب به ملّت ایران با تأکید بر اهمیّت مجلس خبرگان به نکات مهمّی پرداخته و بیان می‌دارد:
۱- تعیین خبرگان و فقیه‌شناسان از تکالیف بزرگ الهی است.
۲- مردم در دادن رأی به اشخاصِ واجد شرایط آزاد هستند، و هیچ کس را حق الزام کسی نیست.
سپس به نکته بسیار مهم اخلاقی ـ اجتماعی اشاره کرده و آسیب‌های برخی از رفتار‌های کاندیداها را بیان می‌دارد:
لازم است مطلبی را که گاهی شنیده می‌شود که برای تبلیغات انتخاباتی بعضی از کاندیداها ـ خدای نخواسته ـ بعضی دیگر را تضعیف یا توهین می‌کنند، در رابطه با آن تذکر دهم که، امروز این نحو مخالفت‌ها خصوصاً از چنین کاندیداهایی، برای اسلام و جمهوری اسلامی فاجعه آمیز است. اگر فرضاً کسی در دیگری مناقشه دارد، ابراز آن و اظهار در بین مردم هیچ مجوزی ندارد، و حیثیت و آبروی مؤمن در اسلام از بالاترین و والاترین مقام برخوردار است، و هتک مؤمن، چه رسد به مؤمن عالِم، از بزرگترین گناهان است و موجب سلب عدالت است. امید است ان شاءالله چنین مطلبی نباشد، و اگر غفلتاً اتفاق افتاده است تکرار نشود. از خداوند تعالی عظمت اسلام و مسلمین و بقای عزت برای ملت بزرگ ایران را خواستارم. (همان، ج ۱۷، ص ۱۳۳ ـ ۱۳۴)
هشدار‌های امام خمینی در زمانی بیان شده است که بعضا برخی از کاندیداها، سخنانی را علیه رقیب خود بیان داشته‌اند. این مسئله اکنون از حساسیت بسیار بالایی برخوردار است. زیرا نگاه جامعه و مردم و به ویژه جوانان به روحانیت چنان حساس شده است که به کوچکترین رفتار‌ها عکس‌العمل نشان می‌دهند. عالمان دینی که برای مجلس خبرگان کاندیدا می‌شوند، باید به این مسائل توجه ویژه داشته باشند و با دقت افزونتری برخورد کنند و خود را به معنی واقعی کلمه عالم وارسته و به دور از دنیا و دنیاپرستی نشان دهند و مقام را هر چند نمایندگی خبرگان باشد با دین خدا معامله نکنند.
از آنجا که در انتخابات‌های مختلف در ایران گاه برخی از افراد که به عنوان کاندیدا معرفی می‌شوند، در بیانات خود و تبلیغات انتخاباتی، به تضعیف دیگران پرداخته و به تعبیر حضرت امام، هتک حرمت می‌کنند و در نتیجه موجب از بین بردن آبروی افراد می‌شوند. این کار گرچه فی نفسه حرام و گناه محسوب می‌شود و باعث می‌شود افراد وظیفه شناس و متدین از صحنه خارج شوند و برخی افراد بی‌تقوا به صحنه بیایند، علاوه بر آن به نوعی موجب تضعیف جمهوری اسلامی می‌شود. از این رو امام می‌فرماید: «برای اسلام و جمهوری اسلامی فاجعه‌آمیز است» و این کار در بین مردم هیچ مجوزی ندارد. توجه به بار معنایی «فاجعه‌آمیز» در زبان امام خمینی، نشان از دوراندیشی و صلابت تفکر ایشان دارد.
هشدار امام خمینی در سال ۶۱ که هنوز چند سالی از برقراری نظام جمهوری اسلامی، نگذشته است، نشان از تیزبینی و ژرف‌اندیشی ایشان دارد، چنانکه بعضا دربارۀ کاندیدا‌های سایر مجالس و یا ریاست جمهوری حساسیت‌های ایشان را مشاهده می‌کنیم. گویندگان این مسائل توجه ندارند که با تضعیف مسئولی که در گذشته خدمات داشته است، چه فاجعه‌ای برای کشور و خادمان آن بوجود می‌آورد و در نهایت موجب بی اعتباری همه مسئولان می‌شود. این تخریب‌ها، تخریب یک فرد نیست، بلکه تخریب یک هویت و شخصیت به حساب می‌آید. هویت جمهوری اسلامی و شخصیت علمای دین.
امام خمینی در تیرماه سال ۱۳۶۲ به مناسبت گشایش مجلس خبرگان رهبری، در پیام تاریخی خود نکات مهم دیگری را یادآور شده و فرموده است:
اکنون شما، ای فق‌های شورای خُبرگان و ای برگزیدگان ملت ستمدیده در طول تاریخ شاهنشاهی و ستمشاهی، مسئولیتی را قبول فرمودید که در رأس همۀ مسئولیت‌ها است؛ و آغاز به کاری کردید که سرنوشت اسلام و ملت رنجدیده و شهید داده و داغدیده گرو آن است. تاریخ و نسل‌های آینده دربارۀ شما قضاوت خواهند کرد، و اولیاء بزرگ خدا ناظر آرا، و اعمال شما می‌باشند؛ «وَالله ُ مِن وَرَائِهم مُحیطٌ و رَقِیبٌ». کوچکترین سهل انگاری و مسامحه و کوچکترین اِعمال نظر‌های شخصی و خدای نخواسته تبعیت از هوا‌های نفسانی، که ممکن است این عمل شریف الهی را به انحراف کشاند، بزرگترین فاجعۀ تاریخ را به وجود خواهد آورد. اگر اسلام عزیز و جمهوری اسلامی نوپا به انحراف کشیده شود و سیلی بخورد و به شکست منتهی شود، خدای نخواسته اسلام برای قرن‌ها به طاق نسیان سپرده می‌شود، و به جای آن، اسلام شاهنشاهی و ملوکی جایگزین آن خواهد شد. شما برگزیدگان مستضعفان می‌دانید که با کوتاه شدن دست ابرقدرت‌های چپاولگر از کشور اسلامی شما، آنان و وابستگان به آن‌ها ماهیت اسلام و قدرت الهی آن را لمس نمودند، و، چون افعی زخم خورده در کمین نشسته اند که از هر راهی بتوانند خود یا به وسیلۀ پیروان از خدا بی‌خبر خود، این نظام الهی را از مسیر خود منحرف نمایند؛ و بالاترین انحراف، که منجر به انحراف تمام ارگان‌ها می‌شود، انحراف رهبری است، که امروز شما نقش اول آن را دارید. (همان، ج ۱۸، ص ۵ ـ ۶)
امام خمینی (ره) در پایان این پیام تاریخی و سرنوشت ساز، که در واقع سخنانی برخاسته از جان و با نگاهی به آینده و این ایام است، می‌فرماید:
لازم است به رهبر محترم آتیه، یا شورای رهبری، تذکری برادرانه و مخلصانه بدهم: رهبر و رهبری در ادیان آسمانی و اسلامِ بزرگ چیزی نیست که خودبخود ارزش داشته باشد، و انسان را خدای نخواسته به غرور و بزرگ اندیشیِ خود وادارد. آن همان است که مولای ما، علی بن ابیطالب، دربارۀ آن گوشزد فرموده است. اساساً انبیاء خدا ـ صلواة الله و سلامه علیهم ـ مبعوث شدند برای خدمت به بندگان خدا، خدمت‌های معنوی و ارشادی و اخراج بشر از ظلمات به نور، و خدمت به مظلومان و ستمدیدگان و اقامۀ عدل، عدل فردی و اجتماعی. شما که خود را پیروان اصحاب وحی و اولیاء عظیم الشأن می‌دانید و بحمدالله هستید، خود را جز خدمتگزار به ملت‌های ستمدیده ندانید؛ و باید بدانید که تبهکاران و جنایت پیشگان بیش از هرکس چشم طمع به شما دوخته اند، و با اشخاص منحرفِ نفوذی در بیوت شما، با چهره‌های صددرصد اسلامی و انقلابی، ممکن است خدای نخواسته فاجعه به بار آورند، و با یک عمل انحرافی نظام را به انحراف کشانند، و با دست شما به اسلام و جمهوری اسلامی سیلی زنند. الله، الله، در انتخاب اصحاب خود. الله، الله، در تعجیل تصمیم گیری، خصوصاً در امور مهمه؛ و باید بدانید و می‌دانید که انسان از اشتباه و خطا مأمون نیست. به مجرد احراز اشتباه و خطا از آن برگردید، و اقرار به خطا کنید؛ که آن کمال انسانی است، و توجیه و پافشاری درامر خطا نقص، و از شیطان است. در امور مهمه با کارشناسان مشورت کنید، و جانب احتیاط را مراعات نمایید. (همان، ج ۱۸، ص ۶ و ۷)