در این شیوه آندوسکوپی، بیمار یک کپسول حاوی یک دوربین کوچک و یک‌بارمصرف را می‌بلعد. اندازه این کپسول معادل یک قرص ویتامین است. دوربین در خلال حرکت خود در روده بیمار، عکس‌های متعددی را ضبط می‌کند. این دوربین تصاویر را به‌صورت بی‌سیم به یک ضبط‌کننده ارسال می‌کند که بر روی کمر بیمار قرار دارد.
انجام این مطالعه زمانی به پایان می‌رسد که کپسول از روده‌ی بیمار عبور کرده و خارج شود. سپس یک پزشک یا پرستار متخصص به بررسی تصاویر استخراج‌شده از ضبط‌کننده می‌پردازد تا منشأ علائم بیمار را شناسایی کند. لازم به ذکر است که این آزمایش در حال حاضر در تمامی بیمارستان‌ها موجود نیست.
انواع کپسول‌های آندوسکوپی
آندوسکوپی کپسولی به دو دسته تقسیم می‌شود: نوعی که روده کوچک را بررسی می‌کند و نوعی که اندرونی را در روده بزرگ می‌سنجد.
تفاوت اصلی میان این دو کپسول در آن است که کپسول بررسی روده کوچک تنها یک دوربین دارد، در حالی که کپسول کولون تجهیز به دو دوربین است و به شکل دوطرفه کار می‌کند.
پزشکان تنها در صورتی به آندوسکوپی کولون نیاز دارند که نشانه‌ای از سرطان روده در بیمار مشاهده شود و سپس به بررسی مشکلات از طریق روش کلونوسکوپی روی آورند. همچنین در برخی بیمارستان‌ها، افرادی که علائم سرطان روده دارند ممکن است به جای استفاده فوری از کولونوسکوپی، آندوسکوپی کپسولی را به عنوان گزینه‌ای تجویز شده دریافت کنند.
آندوسکوپی کپسولی می‌تواند به تشخیص و رد احتمال سرطان روده کمک کند و بسیاری از بیماران نیازی به انجام آزمایش‌های بیشتر نخواهند داشت. همچنین این روش نسبت به کولونوسکوپی کم‌تهاجمی‌تر است و بسیاری از افراد احتمالاً آن را به عنوان گزینه‌ای مطلوب‌تر مدنظر قرار می‌دهند.