کاهش این ویتامین می‌تواند منجر به بروز مشکلات جدی‌تری برای سلامتی شود. در زیر به برخی از نشانه‌های کمبود این ویتامین اشاره می‌شود:
دردهای استخوانی: نداشتن میزان کافی ویتامین D در بدن ممکن است باعث ناراحتی‌هایی در استخوان‌ها گردد. در صورتی که این کمبود شدید باشد، عملکرد کافی فیبرهای عضلانی مختل شده و دردهایی در نواحی ران تحتانی و لگن احساس خواهد شد.
مشکلات تنفسی: ویتامین D نقشی کلیدی در حفاظت از سیستم تنفسی در برابر بیماری‌ها و عفونت‌ها ایفا می‌کند. افرادی که از آسم شدید رنج می‌برند، باید میزان دریافتی ویتامین D خود را افزایش دهند؛ چرا که این تقویت، احتمال بروز حملات آسمی را تا ۵۰ درصد کمتر می‌کند.
گرگرفتگی: این وضعیت ممکن است نشانه‌ای اولیه از کمبود ویتامین D باشد. پزشکان در گذشته از مادران در خصوص عرق زیاد نوزادان در ناحیه سر سوال می‌کردند که این اطلاعات به تشخیص کمبود ویتامین D در نوزادان کمک می‌کرد.
سردردهای مزمن: عدم وجود ویتامین D کافی می‌تواند منجر به افزایش خطر ابتلا به سردردهای مزمن شود. افرادی که با کمبود ویتامین D مواجه‌اند، در معرض دوبرابر احتمال ابتلا به این نوع سردردها هستند.
مشکلات پوستی: دوزهای بالا از ویتامین D می‌تواند به درمان بیماری‌های پوستی مانند پسوریازیس و ویتیلیگو کمک نماید.
ریزش مو: کمبود ویتامین D می‌تواند یکی از عوامل اصلی ریزش مو محسوب گردد. تحقیقات نشان داده‌اند که ارتباط قاطع و مستقیمی بین کمبود ویتامین D و ریزش مو وجود دارد.
خستگی: ویتامین D برای تولید انرژی در بدن بسیار ضروری است. کمبود این ویتامین ممکن است موجب بروز خستگی در طول روز بدون دلیل خاصی شود.
فشار خون بالا: پژوهش‌ها نشان می‌دهد که رابطه‌ای مستقیم میان سطح ویتامین D در خون و وضعیت فشار خون بالا وجود دارد. به میزانی که این ویتامین در بدن بیشتر باشد، فشار خون کاهش می‌یابد.
ضعف استخوان‌ها: از آنجا که پس از ۳۰ سالگی روند تشکیل توده استخوانی متوقف می‌شود، کمبود ویتامین D در این دوران می‌تواند روند بروز علائم شکنندگی استخوان‌ها را تسریع بخشد.
تغییرات خلق و خو: ویتامین D تأثیری مستقیم بر روی هورمون سروتونین که مسئول تنظیم احساسات است، دارد. تحریک‌پذیری زیاد، اضطراب، افسردگی و مشکلات خواب از جمله اثرات ناشی از کمبود ویتامین D به شمار می‌روند.