بوی ماهی که به تدریج به وجود می‌آید، ناشی از تجزیه لیپیدها و فعالیت‌های باکتریایی است که با گذشت زمان تشدید می‌شود. این عطر، نتیجه‌ی واکنش‌های میکروبی و شیمیایی است که در اثر در معرض گرما و اکسیژن قرار گرفتن پروتئین‌ها و چربی‌های ماهی ایجاد می‌شود.
ماهی تازه باید عطر ملایم و شبیه به بوی جلبک‌های دریایی داشته باشد،
بوی تازه ماهی باید کمی شبیه به بوی جلبک دریایی باشد. در واقع، بوی تند به عنوان یکی از نشانه‌های اولیه فساد ماهی محسوب می‌شود. در این میان، رشد باکتری‌ها معمولاً مقصر اصلی ایجاد این بو است. مدت زمانی که از صید ماهی تا رسیدن آن به فروشگاه‌ها می‌گذرد، ممکن است چند روز به طول بینجامد و در این فاصله، باکتری‌های طبیعی موجود بر روی ماهی شروع به مصرف ترکیبی به نام اکسید تری متیل آمین (TMAO) می‌کنند که به طور طبیعی در بسیاری از ماهی‌ها، به ویژه گونه‌های آب سرد، وجود دارد. این ترکیب به نوعی همانند ضد یخ عمل می‌کند و به ماهی‌های ساکن آب سرد کمک می‌کند.
این باکتری‌های دوستدار سرما، TMAO را به تری متیل آمین (TMA) تبدیل می‌سازند، مولکولی که هنگام فساد، باعث بروز بوی ماهی و آمونیاک می‌گردد. گونه‌های موجود در آب‌های سرد، مانند ماهی کاد و شاه‌ماهی، به علت وجود TMA، این بو را سریع‌تر از سایر ماهی‌ها تولید می‌کنند.
علاوه بر این، بوی ماهی ممکن است ناشی از فعالیت آنزیم‌هایی باشد که پس از صید ماهی شروع به تجزیه می‌کنند. طبق گفته‌ی انجمن شیمی آمریکا، باکتری‌های موجود در بافت ماهی، لیزین (یک اسید آمینه) را به کاداورین تبدیل نموده که با تجزیه حیوانات وابسته است. همچنین، واکنش‌های شیمیایی می‌تواند منجر به بروز بوی نامطبوع در ماهی شود. این فرآیند از طریق اکسیداسیون لیپیدها یا چربی‌ها اتفاق می‌افتد. وجود اسیدهای چرب امگا ۳ در ماهی‌ها در حین اکسید شدن به مولکول‌های فرار کوچکتر تجزیه می‌شود و همین باعث ایجاد بوی خاص آنها می‌گردد.
به طور کلی، فساد باکتریایی که منجر به تولید TMA و کاداورین می‌شود، معمولاً سریع‌تر از اکسیداسیون لیپید در ماهی تازه اتفاق می‌افتد. برای کاهش سرعت رشد باکتری‌ها و در نتیجه بوی نامناسب ماهی، باید به دو عامل توجه داشت. به گفته یک استاد علوم غذایی، زمان، عامل شماره یک و دما، عامل شماره دو است.
هرچه زمان بین صید ماهی و رسیدن آن به آشپزخانه کمتر باشد، بهتر خواهد بود. با این حال، امروز ماهی‌ها معمولاً در سطح جهانی جابه‌جا می‌شوند. برای جلوگیری از رشد باکتری‌های مولد بو، باید ماهی بلافاصله پس از صید و تمیز کردن، منجمد یا در دمای پایین نگهداری شود. برای حفظ این زنجیره سرد تا آشپزخانه، توصیه شده است که از تکنیک‌های ماهی‌فروشان حرفهای پیروی کنید و «مقداری یخ در ظرفی بریزید، ماهی را روی یخ قرار داده و در یخچال بگذارید. این شیوه به کاهش رشد باکتری کمک می‌کند.»
کنترل اکسیداسیون لیپید برای ماهی‌های چرب‌تر دشوارتر است. در حالی که انجماد سرعت رشد باکتری‌ها را کاهش می‌دهد، اما اکسیداسیون لیپید را متوقف نمی‌کند. این فرآیند همچنان تا زمانی که اکسیژن موجود باشد، ادامه خواهد داشت. بنابراین، بهتر است تازه‌ترین ماهی‌ها و ماهی‌های بسته‌بندی شده با خلاء و یخ زده را خریداری کنید، زیرا در این حالت دما و اکسیژن پایین است. ماهی‌های یخ‌زده و بسته‌بندی شده در خلاء برای افرادی که در فاصله دور از منابع ماهی‌گیری زندگی می‌کنند، می‌توانند گزینه‌های مناسبی باشند.
ماهی‌های کم‌چرب مانند ماهی کاد، هولد و فلاندر، برای انجماد بسیار مناسب‌تر هستند، زیرا احتمال فساد میکروبی در آنها بالاتر است و انجماد این فرآیند را به تأخیر می‌اندازد. اما در مورد ماهی‌های چرب، مانند ماهی خال مخالی، ماهی آبی و شاه‌ماهی، معمولاً این گونه‌ها به خاطر اکسید شدن سریع، به سختی منجمد می‌شوند و شروع به فساد و بو گرفتن می‌کنند، مگر اینکه در محیطی کم‌اکسیژن نگهداری شوند. به همین دلیل این گونه‌ها اغلب کنسرو می‌شوند، زیرا این روش نگهداری اکسیژن را به میزان بیشتری کاهش می‌دهد و از اکسیداسیون لیپید جلوگیری می‌کند.
حتی اگر ماهی تازه پخته شود، اگر باقی‌مانده‌ها به‌سرعت مصرف نشوند، می‌تواند موجب افزایش بوی نامطبوع گردد. پختن هر نوع گوشتی باعث افزایش سرعت اکسیداسیون می‌شود. این بدان معنا نیست که ماهی خراب است، اما طعم آن ممکن است بعد از یک یا دو روز تحت تأثیر قرار گیرد، زیرا اسیدهای آمینه موجود در ماهی در یخچال به اکسیداسیون ادامه می‌دهند.
همچنین باید در نظر داشت که بو همیشه نمی‌تواند نشان‌دهنده سلامت یا فساد غذا باشد؛ با توجه به محصولات تخمیر شده از ماهی مانند گاروم و سس ماهی که در روم باستان رایج بود، می‌توان گفت: «آنچه که ممکن است برای شما بدبو به نظر برسد، در فرهنگ‌های دیگر ممکن است یک خوراکی خوشمزه باشد.»