دیوان محاسبات کشور عملکرد شرکت ملی پالایش و پخش فرآورده‌های نفتی را مورد تجزیه و تحلیل و ارزیابی قرار داد.
بر اساس گزارش ایسنا و به نقل از اداره کل روابط عمومی و امور بین‌الملل دیوان محاسبات کشور، مطابق با بند (د) تبصره ۱۴ قانون بودجه سال ۱۴۰۲، وزارت نفت باید از طریق شرکت‌های دولتی زیرمجموعه، در صورت بروز کاهش در تولید فرآورده‌های اصلی نسبت به برنامه تعیین‌شده، با خرید و فروش فرآورده‌های خاص از پالایشگاه‌های مرتبط، کسری منابع ناشی از فروش داخلی و صادرات فرآورده‌های نفتی را طبق برنامه پیش‌بینی‌شده این تبصره جبران نماید.
تحقیقات دیوان محاسبات کشور نشان‌دهنده انحراف قابل توجه در عدم پیاده‌سازی کامل مفاد قانونی مذکور بوده و پالایشگاه‌های نفت در این زمینه با ۳۹/۹ همت به دلیل انحراف معیار قابل توجه در برنامه تولید ابلاغی سازمان برنامه و بودجه از سوی شرکت ملی پالایش و پخش فرآورده‌های نفتی ایران مواجه گردیده و مبالغ کسری به حساب سازمان هدفمندسازی یارانه‌ها واریز نشده است.
مسئولان تأمین منابع نیز برای جبران کسری به استقراض روی آورده‌اند که این موضوع تبعات اقتصادی خاصی را به همراه خواهد داشت.
بر اساس بند ز تبصره ۱۴ قانون بودجه سال ۱۴۰۲، نظارت عملیاتی و تأمین منابع بر عهده وزارت نفت و سازمان برنامه و بودجه بوده و وزارت امور اقتصادی و دارایی و بانک مرکزی مسئولیت تحقق درآمدها و تأمین مصارف قانونی پیش‌بینی‌شده در این بند را بر عهده دارند.