بخش زیادی از مهاجران به ایران را افراد افغان تشکیل می‌دهند. با به قدرت رسیدن طالبان در افغانستان، مهاجرت افغان‌ها به ایران روندی رو به رشد یافت. هدف اصلی بیشتر افاغنه از این مهاجرت، فرار از شرایط ناهنجار اقتصادی و سیاسی حاکم بر افغانستان است؛ همچنین، مشترکات دینی و مذهبی و فشارهایی که بر شیعیان افغانستان وارد می‌آید، دلایل دیگری برای این مهاجرت به شمار می‌آید.
مهاجران افغانی ابتدا به شهرهای تهران و مشهد می‌روند و سپس به کلان شهرهایی مانند کرمان، اصفهان و شیراز نقل مکان می‌کنند. اکثریت آن‌ها ترجیح می‌دهند در حاشیه شهرها و بعضاً در روستاهای دورافتاده سکونت داشته باشند و کمتر کسی حاضر به تحمل هزینه‌های سنگین زندگی در مرکز شهر است. بسیاری از آن‌ها در مشاغل سختی مانند کار در گاوداری‌ها و ساخت و ساز مشغول هستند.
افراد افغان به هر نحو ممکن تلاش می‌کنند خود را به ایران برسانند؛ اما ورود به این کشور به چالش‌های فرهنگی، اجتماعی و حتی مذهبی می‌انجامد. تازه‌واردها نمی‌توانند به راحتی در اینجا احساس تعلق پیدا کنند؛ با این حال، به سبب وضعیت وخیم اقتصادی و سیاسی افغانستان، بازگشت برایشان دشوار شده است. برخی از آن‌ها در حالتی گیج و متحیر هستند و نمی‌دانند چگونه شغلی بیابند. گروهی با مشاهده شرایط موجود در ایران، به فکر مهاجرت به کشورهای دیگر هستند و در واقع، ورود به ایران به عنوان پلی به سوی ترکیه، اروپا و حتی کانادا و آمریکا محسوب می‌شود.
دسته‌ای از افغان‌ها به ویژه افغان‌های پشتو، با مشکلات زبانی مواجه هستند و نمی‌توانند به سرعت در جامعه ایران جایی برای خود پیدا کنند. برخی نیز به امید دست‌یابی به شهروندی، قصد دارند با دختران ایرانی ازدواج کنند؛ در حالی که هرگز دختران ایرانی را به مردانی غیرایرانی، حتی اگر از نظر مالی در وضعیت خوبی باشند، نمی‌دهند. شایعاتی از خرید شناسنامه خانوارهای فقیر ایرانی‌ها از سوی افراد غیرایرانی، یا صدور شناسنامه برای آن‌ها در جامعه به گوش می‌رسد.
افاغنه زندگی‌کرده در ایران تقریباً در حدود بیست درصد از آمارهای مربوط به جرم و جنایت مشارکت دارند. گروهی از آن‌ها که با گرایش‌های طالبانی به مذهب تشیع مخالف هستند، در فضای مجازی به ترویج افکار مربوط به عملیات تروریستی مشغول‌اند؛ حوادث تروریستی نظیر رخدادهای سال گذشته در مزار شهدای کرمان و شاهچراغ شیراز نمونه‌های بارز این چالش‌ها هستند که نشان می‌دهد باید نسبت به مسائل اتباع خارجی غیرمجاز بی‌توجهی نکرد.
با ایجاد فضایی ضد افغانی در سال‌های اخیر در ایران، این افراد احساس ناامنی و کشورهای میزبان را ترک کرده‌اند. آن‌ها در واقع از یک سو از وطن خود رانده شده و از دیگر سو به کشوری که به آن پناه آورده‌اند، تعلق ندارند. ایران نیز به دلیل مشکلات اقتصادی و تحریم‌های سنگین بین‌المللی نمی‌تواند محیط امنی برای این مهمانان ناخوانده ایجاد کند. به همین خاطر، در سال‌های اخیر با تشدید مشکلات اقتصادی در ایران، فرار معکوس افاغنه مشهود بوده است. گرچه دلیل اصلی مهاجرت این دسته، مسائل اقتصادی است، اما پدیده مهاجرت تاثیرات اجتماعی گسترده‌ای بر سطح کشور به همراه دارد.
سیاست ایران در زمینه مهاجرت بر این پایه استوار است که این کشور می‌خواهد با استفاده از توانایی‌های مهاجران به رشد جمعیت، قدرت نظامی و همچنین تقویت اقتصاد خود بپردازد. با توجه به روند سالخوردگی جمعیت و نرخ پایین تولد، جذب مهاجران گامی اساسی برای بهبود وضعیت فراروی ایران در حوزه‌های مختلف خواهد بود. رشد جمعیت فعال کاری فقط از طریق مهاجرت امکان‌پذیر است؛ اما این سیاست با انتقادات زیادی از سوی مردم مواجه شده است. عده‌ای بر این باورند که ورود مهاجران، باعث افزایش هزینه‌های زندگی و به ویژه قیمت مسکن و افزایش جرم و جنایت می‌شود.
از سوی دیگر، فقدان سامانه‌ای تبر از مطالعات مهاجران به ویژه افغانی‌ها حس می‌شود و آمار دولتی نیز به‌طور کامل معتبر نیست. به طور تقریبی حدود ده میلیون افغان (و طبق برخی آمار غیررسمی حدود پانزده میلیون نفر) در ایران ساکن شده‌اند که بیش از ده درصد از جمعیت کل کشور را شامل می‌شود؛ و انبوه مهاجرت‌ها سبب ضعیف‌تر شدن طبقه اجتماعی متوسط یا همان بدنه اصلی جامعه ایران شده است. به نظر می‌رسد انجام یک آمارگیری رسمی از کل جمعیت مهاجران ایران در همه بخش‌ها اعم از افغان، عراقی، پاکستانی و دیگر ملیت‌ها ضرورت دارد؛ و همزمان باید مرزهای ایران-افغانستان و ایران-پاکستان با دیوارکشی تقویت شود؛ همچنین مجازات سخت برای ورود غیرقانونی به کشور و برخورد با مواردی که به اقداماتی مانند “شوتی” معروف هستند، باید در دستور کار قرار گیرد؛ و سیاست دولت به جمع‌آوری تمام افغان‌ها در یک یا دو استان محدود گردد.
اجرای این طرح باید از استان‌های غربی کشور شامل آذربایجان غربی، کرمانشاه، کردستان، ایلام و خوزستان آغاز و به تدریج به سمت استان‌های شرقی گسترش یابد. هدف اصلی این انباشت در یکی یا دو استان شرقی و در نهایت حذف گروه‌هایی از آن‌ها از طریق مرزهای شرقی کشور خواهد بود.