این کتاب پس از نگاه به اهمیت قفقاز جنوبی، ریشه های تاریخی مناقشه قره باغ را بازگو کرده و سپس اثرات منطقه ای و بین المللی آن و دلایل ناکامی میانجیگران را بررسی می کند.
کتاب «مناقشه قره باغ، از آغاز تا پایان» همچنین به نقش روسیه، آمریکا، فرانسه و ترکیه در مناقشه قره باغ، تحرکات اسرائیل در منطقه پرداخته و با مروری بر نقش و مراضع آیت الله خامنه ای رهبر معظم انقلاب اسلامی و خاطرات آیت الله هاشمی رفسنجانی، اقدامات ایران در جنگ های اول و دوم قره باغ و همچنین کمک های تهران به باکو در طول مناقشه را بررسی می کند.
این کتاب به روح آیت الله شهید سید ابراهیم رئیسی و دیگر شهیدان خدمت بخصوص حسین امیرعبداللهیان به عنوان حامی تمامیت ارضی کشورهای همسایه تقدیم شده است.
کتاب «مناقشه قره باغ از آغاز تا پایان» در ۱۹۶ صفحه توسط انتشارات فرهنگ سبز منتشر شده و علاقه مندان می توانند با مراجعه به سایت انتشارات فرهنگ سبز، این اثر را تهیه کنند.
محسن پاک‌آیین پیشتر نیز خاطرات دوران سفارت در زامبیا، ازبکستان و تایلند و جمهوری آذربایجان را منتشر کرده است.
از این نویسنده همچنین کتاب‌های «دیپلماسی نبوی»، «محبت اهل بیت(ع) در شمال آفریقا و اروپا»، «سفیران پیامبر اعظم(ص)، «سیاست و حکومت در آفریقا»، «شناخت نومحافظه‌کاران آمریکا»، «از اداره هفتم تا سفارت»، «پنجاه سال مناسبات ایران و تایلند»، «حیدر علی اف و دیدگاه دوستی دائمی با ایران»(به زبان آذری)، ترجمه کتاب «اسلام و مسلمانان جهان» تالیف ماهاتیر محمد با عنوان «جهانی که در آن بسر می بریم» و کتب سبز کشورهای میانمار، لائوس و زامبیا منتشر شده است.